Sekolah Kristen Kanaan Pontianak (SKK Pontianak) berdiri pada tahun 2000. Di tahun-tahun pertamanya, SKK Pontianak menjalankan operasionalnya di Gereja Yesus Sejati Pontianak, Jalan Haji Abbas I No. 27.
Bermula dari beberapa kelas Taman Kanak-Kanak (TK) hingga jenjang Sekolah Dasar (SD) Kelas 2. Dengan meningkatnya jumlah siswa dan kenaikan jenjang, gedung gereja tidak lagi dapat dimanfaatkan sebagai tempat berlangsungnya Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) hingga Yayasan Kanaan memutuskan untuk membeli sebidang tanah baru di daerah Sungai Raya Dalam.
Bermula dari beberapa kelas Taman Kanak-Kanak (TK) hingga jenjang Sekolah Dasar (SD) Kelas 2. Dengan meningkatnya jumlah siswa dan kenaikan jenjang, gedung gereja tidak lagi dapat dimanfaatkan sebagai tempat berlangsungnya Kegiatan Belajar Mengajar (KBM) hingga Yayasan Kanaan memutuskan untuk membeli sebidang tanah baru di daerah Sungai Raya Dalam.
SKK Pontianak mulai beroperasi di Sungai Raya Dalam sejak 18 Juli 2005. Untuk mendukung kegiatan operasional maka SKK Pontianak melakukan penambahan jumlah lantai, dari semula hanya memiliki 1 lantai kini berjumlah 2 lantai pada tahun 2007. Perkembangan yang signifikan menuntut Kanaan untuk terus menyediakan sarana prasarana yang lebih baik sehingga pada tahun 2010 dibangunlah lantai ketiga. Peningkatan jenjang SMP mulai dilakukan pada tahun 2012. Hingga awal tahun 2013, SKK Pontianak memiliki 394 siswa
Visi :
Menyelenggarakan Pendidikan berkualitas yang berlandaskan nilai-nilai Kristiani
Misi :
Menjadi Sekolah Kristen terkemuka, mandiri, yang mengembangkn
potensi siswa dan karyawan secara optimal, berbudi pekerti luhur,
dan mampu berperan aktif dalam masyarakat global